その代表役員(住職、宮司等)や職員等に給与や退職手当を支払う場合、あるいは税理士等の報酬・料金、講演料等を支払う場合には、源泉徴収義務者として、その支払の際に、所定の所得税及び復興特別所得税を源泉徴収して納付する必要があります。
宗教法人の会計処理を正しく行うため、次の事項に注意して、常日頃から宗教法人の収支と住職等個人の収支を明確に区分しておくことが必要です。
そのため、住職等の給与については、あらかじめ適正な金額を定め毎月一定の日に支給するのが望ましいと思われます。
株式会社のように営利を目的として設立された法人は各事業年度の全ての所得に対して法人税が課税されますが、宗教法人のように公益を目的として設立された公益法人等については、収益事業を行う場合に、その収益事業から生じた所得に対してのみ法人税が課税されます。
国内で課税資産の譲渡等を行った事業者は、納税義務者になります。したがって、宗教法人も免税事業者(基準期間(前々事業年度)の課税売上高が1,000万円以下の宗教法人)に該当する場合を除き、課税資産の譲渡等を行えば納税義務を負うことになります。
消費税の課税関係について例を挙げれば、次のようになります。
(注)